Come implementare le analisi di OGM in un laboratorio
Molto spesso quando un laboratorio decide di implementare un’analisi al fine di scegliere una nuova metodica, indipendentemente che sia un laboratorio di controllo qualità all’interno di un’azienda alimentare o un laboratorio di service esterno, non basa le proprie scelte esclusivamente sui dati ritrovati in letteratura o forniti dal produttore di uno specifico kit, ma opera testando il prodotto e verificando quali siano le sue effettive performance, per poi poter procedere con l’accreditamento
Perché è importante accreditare un’analisi?
Perché significa garantire ai propri clienti che il laboratorio da loro scelto rispetta tutti i requisiti indicati nelle norme di legge per svolgere tale attività e che competenza, indipendenza e imparzialità nello svolgimento delle prove sono alla base del loro modus operandi, come garantito dal controllo di un ente terzo indipendente come Accredia.
Tuttavia, non sempre è così semplice per i laboratori reperire tutte le informazioni ed i materiali necessari per poter eseguire le prove e gli esperimenti richiesti, come nel caso delle analisi per la ricerca degli OGM. Sia che si tratti di analisi qualitative per monitorare l’efficacia delle procedure o di analisi quantitative per ottenere un’indicazione della contaminazione presente nei campioni, considerando che in caso di contaminazione accidentale sotto lo 0,9% non è obbligatorio tale inserimento in etichetta, i laboratori devono occuparsi oltre che dell’analisi di campioni incogniti anche delle analisi di campioni di controllo con concentrazioni allo 0,9% o allo 0,1% di DNA OGM. Soprattutto in fase di accreditamento, può accadere che sia richiesto ai laboratori che effettuano le analisi che i campioni di controllo da adoperare siano Materiali di Riferimento Certificati (CRM, dall’inglese Certified Reference Material), ossia materiali conformi ai requisiti indicati nella norma ISO 17034. Nel caso particolare degli OGM, la ricerca di materiali certificati con queste precise concentrazioni risulta essere complicata a causa di differenti motivi. Difatti, non sempre sono disponibili CRM per tutti gli eventi OGM e, qualora lo siano, non sempre possiedono le concentrazioni desiderate per le analisi, infatti le concentrazioni ritrovabili più comuni sono ad esempio al 5% o al 100. Inoltre, in molti casi il CRM non è costituito direttamente dall’acido nucleico in quanto tale, cioè da DNA direttamente utilizzabile ma è presente all’interno di una matrice specifica da trattare, come foglie, semi o farine.
È possibile ovviare a queste problematiche disponendo ad un esempio di un CRM a concentrazione nota, ad esempio al 5%, per ottenere un campione di controllo finale allo 0,9% o di qualsiasi altra concentrazione inferiore desiderata?
Certamente, oltre al materiale al 5% sarà necessario disporre di un campione “bianco” non contaminato 100% non OGM, ed operare una diluizione del DNA OGM, aggiungendo DNA non-OGM, considerando che la contaminazione percentuale è riferita alla quantità di presenza di materiale genetico OGM sul totale (ad esempio: 5% OGM significa 5 copie di DNA OGM/100 copie di DNA non-OGM). La prima fase della procedura di diluizione consisterà dunque nell’estrazione del DNA dai CRM, una volta estratto il DNA, questo dovrà essere quantificato per poter calcolare i volumi esatti per procedere con la diluizione vera e propria. In questa fase, non sono da tralasciare le molte variabili in gioco che possono introdurre diversi fonti di errore durante il processo. Sicuramente sia lavorare con volumi molto ridotti, nell’ordine dei microlitri, sia con strumenti come spettrofotometri e fluorimetri, non in grado di quantificare in modo accurato quanto necessario, costituiscono fattori operativi che possono portare ad una diluizione non corretta del DNA OGM, con risultati finali in termini di % di DNA OGM molto diversi dall’atteso, oltre al dubbio lecito se il controllo ottenuto attraverso questa procedura interna di diluizione possa essere ancora considerato come Materiale di Riferimento Certificato.
Per tutti questi motivi, può accadere che i laboratori in fase di accreditamento scelgano di utilizzare come campioni di controllo dei materiali non certificati, tuttavia non risolvendo il rischio dell’assenza di precisione nella quantificazione del DNA. In questo scenario apparentemente intricato, uno strumento di aiuto concreto è costituito dal Report Tecnico del Joint Research Centre (JRC) della Comunità Europea, in cui sono definiti i requisiti minimi di performance necessari per i metodi analitici per le analisi degli OGM. In particolare, nell’ambito del documento redatto dal network composto da diversi laboratori europei, è indicato l’utilizzo dei materiali di riferimento ove disponibili, mentre l’utilizzo dei materiali certificati è indicato solamente per le fasi di verifica della specificità del metodo.
Osservando queste indicazioni Gold Standard Diagnostics mette a vostra disposizione soluzioni ready-to-use per la verifica del LOD assoluto, LOD relativo e dei Target asimmetrici per i kit multiplex di tutti i test qualitativi sia di screening che di identificazione. Queste sono prodotte adoperando la Digital PCR per lo step di quantificazione, permettendo una precisa e accurata diluizione del DNA: ogni singolo lotto è successivamente testato ed i risultati ottenuti sono riportati nel certificato di qualità.
Questo sistema affidabile e semplice, si rivela un grande alleato per tutti quei laboratori che abbiano necessità di effettuare i test in fase di accreditamento dei nostri kit di screening Real Time PCR senza dover necessariamente manipolare il DNA, eliminando tutti gli inconvenienti sopraccitati.
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